วิธีการแปรรูปมี 2 วิธีที่นิยมปฏิบัติกัน คือ

1. การทำสารกาแฟโดยวิธีเปียก (Wet Method or Wash Method)

เป็น วิธีการที่นิยมกันแพร่หลาย เพราะจะได้สารกาแฟที่มีคุณภาพ รสชาติดีกว่า ราคาสูงกว่าวิธีตากแห้ง (Dry method) โดยมีขั้นตอน ในการดำเนินการมี ดังนี้

- การปอกเปลือก(Pulping)

โดยการนำผลกาแฟสุกที่เก็บได้มาปอกเปลือกนอกทันที โดยเครื่องปอกเปลือก โดยใช้น้ำสะอาดขณะที่เครื่องทำงาน ไม่ควรเก็บ ผลกาแฟไว้นานหลังการเก็บเกี่ยวเพราะผลกาแฟเหล่านี้จะเกิดการหมัก (fermentation) ขึ้นมาจะทำให้คุณภาพของสารกาแฟ มีรสชาติเสียไป ดังนั้นหลังปอกเปลือกแล้ว จึงต้องนำไปขจัดเมือก

- การกำจัดเมือก (demucilaging)

เมล็ดกาแฟที่ปอกเปลือกนอกออกแล้ว จะมีเมือก (mucilage) ห่อหุ้มเมล็ดอยู่ซึ่งจะต้องกำจัดออกไป ซึ่งมีวิธีการดังนี้

การกำจัดเมือกโดยวิธีการหมักตามธรรมชาติ (Natural Fermentation) เป็นวิธีการที่ปฏิบัติดั้งเดิม โดยนำ เมล็ดกาแฟที่ปอกเปลือกออกแล้วมาแช่ในบ่อซีเมนต์ หรือบ่อพลาสติก มีรูระบายน้ำออกด้านล่าง ใส่เมล็ดกาแฟประมาณ 3/4 ของบ่อ แล้วใส่น้ำให้ท่วมสูงกว่ากาแฟ แล้วคลุมบ่อด้วยผ้าหรือพลาสติกปิดปาก บ่อซีเมนต์ ทิ้งไว้ 24-48 ชั่วโมง ในกรณีที่อุณหภูมิต่ำอากาศหนาวเย็น การหมักอาจจะใช้เวลา 48-72 ชั่วโมง จากนั้นปล่อยน้ำทิ้งแล้วนำ เมล็ดมาล้างน้ำให้สะอาด นำเมล็ดมาขัดอีกครั้งในตระกล้าที่ตาถี่ ที่มีปาก ตะกร้ากว้าง ก้นไม่ลึกมาก เมื่อขัดแล้วเมล็ดกาแฟจะไม่ลื่นแล้วล้าง ด้วยน้ำสะอาดอีกครั้งก่อนที่จะนำไปตาก

2. การตากหรือการทำแห้ง (Drying)

หลังจากเมล็ดกาแฟผ่านการล้างทำความสะอาดแล้วนำเมล็ดกาแฟมาเทลงบนลานตากที่ทำความสะอาดแล้ว หรือเทลงบนตาข่ายพลาสติกบนแคร่ไม้ไผ่ เกลี่ยเมล็ดกาแฟกระจายสม่ำเสมอไม่ควรหนาเกิน 4 นิ้ว ควรที่จะเกลี่ยเมล็ดกาแฟวันละ 2 - 4 ครั้ง จะทำให้เมล็ดแห้งเร็วขึ้น และเวลากลางคืนควรกองเมล็ดเป็นกอง ๆ และใช้พลาสติกคลุมเพื่อป้องกันน้ำฝนหรือน้ำค้าง ใช้เวลาตากประมาณ 7 -10 วัน เมล็ดจะมีความชื้นประมาณ 13 % 

3. การบรรจุ (Packing) 

เมล็ดกาแฟที่ได้ควรเก็บไว้ในรูปของกาแฟกะลา (Parchment Coffee) เพราะจะสามารถรักษาเนื้อกาแฟและป้องกันความชื้นกาแฟได้ดี ควรบรรจุ ในกระสอบป่านใหม่ และควรกลับด้านในของกระสอบป่านออกมา ผึ่งลมก่อนนำไปใช้ เก็บในโรงเก็บที่มีอากาศถ่ายเทได้สะดวก ไม่อับชื้น หรือมีกลิ่นเหม็น

4. การสีกาแฟกะลา (Hulling)

กาแฟกะลาที่จะนำไปจำหน่ายควรจะสีเพื่อเอากะลาออกด้วยเครื่องสีกะลา จะได้สารกาแฟ (Green Coffee) ที่มีลักษณะผิวสีเขียวอมฟ้า

การทำสารกาแฟโดยวิธีแห้ง (Dry method หรือ Natural method) 

เป็นวิธีการที่ดำเนินการโดยนำเอาผลกาแฟ (Coffee Cherry) ที่เก็บเกี่ยวมาจากต้นแล้วนำมาตากแดด ประมาณ 15 -20 วัน บนลานตากที่สะอาดและได้รับแสงแดดเต็มที่ เกลี่ยให้เสมอทั่วกันและ หมั่นเกลี่ยบ่อยครั้ง เมื่อผลแห้งจะมีเสียงของเปลือกกับเมล็ดกระทบกัน จึงนำมาเข้าเครื่องสีกาแฟ (Hulling) แล้วบรรจุในกระสอบที่สะอาด ข้อเสียของวิธีการนี้ คือ สารกาแฟที่ได้จะมีคุณภาพต่ำกว่าการทำ สารกาแฟโดยวิธีหมักเปียก